Karier militernya cemerlang, dimulai saat ia lulus dari Akademi Militer (Akmil) Magelang pada 1987 dengan predikat terbaik, meraih penghargaan Adhi Makayasa dan Tri Sakti Wiratama.
Herindra mengawali karier di Komando Pasukan Khusus (Kopassus) dan menempati berbagai jabatan strategis seperti Wakil Komandan Jenderal (Wadanjen) Kopassus, Pangdam III/Siliwangi, hingga Kepala Staf Umum (Kasum) TNI pada 2020.
Selain pengalaman di dalam negeri, Herindra juga menempuh berbagai pendidikan militer di luar negeri, termasuk di The Military College of Vermont-Norwich University, USA, dan National Defense University, USA.
Ia juga memperoleh banyak tanda jasa atas prestasinya, baik dari dalam negeri maupun luar negeri, seperti Bintang Dharma, Bintang Yudha Dharma Pratama, serta Royal Order of Sahametrei dari Kamboja.
Penunjukan Muhammad Herindra sebagai Kepala BIN ini diharapkan mampu memperkuat peran intelijen nasional dalam menghadapi tantangan global dan regional yang semakin kompleks.